Nous avons d`abord appliqué le cappable-SEQ pour l`identification à l`échelle du génome du TSS dans l`organisme modèle E. coli MG1655. Pour cela, l`ARN total de E. coli a été plafonné avec la 3 ′-desthiobiotine-TEG-guanosine 5 ′ triphosphate (DTBGTP) pour la liaison réversible à la Streptavidine, fragmentée à une taille approximative de 200 bases, capturées sur des billes de streptavidine et éluées pour obtenir le fragment 5 ′ les transcriptions primaires (voir la section de la méthode et la Fig. 1a). Pour obtenir une résolution de base unique, une bibliothèque cappable-SEQ a été générée par la ligation des adaptateurs 5 ′ et 3 ′ à l`ARN. Dans ce cas, le capuchon étiqueté doit d`abord être enlevé de l`ARN pour permettre la ligature à l`extrémité 5 ′. Nous avons constaté que le RppH élimine efficacement la structure du bouchon desthiobiotinylated pour laisser un ARN 5 ′-monophosphate ligatable (fichier additionnel 1): figures S5 et S6). Les étapes contribuant à la production des transcriptions primaires impliquent une série d`interactions moléculaires qui initient la transcription de l`ADN dans le noyau d`une cellule. En fonction des besoins d`une cellule donnée, certaines séquences d`ADN sont transcrites pour produire une variété de produits ARN à traduire en protéines fonctionnelles pour une utilisation cellulaire. Pour initier le processus de transcription dans le noyau d`une cellule, les doubles hélices de l`ADN sont débobinés et les liaisons hydrogène reliant les acides nucléiques compatibles de l`ADN sont brisées pour produire deux brins d`ADN unique non reliés.

[1] un brin du modèle d`ADN est utilisé pour la transcription de l`ARNm de transcription primaire monocaténaire. Ce brin d`ADN est lié par une ARN polymérase à la région promotrice de l`ADN. [2] pris ensemble les données obtenues avec l`entretien ménager ncRNAs SsrS, RnpB, FFS et SsrA valident 5 ′ tagRACE comme une méthode robuste pour révéler l`existence de transcriptions inconnues. Il soulève également les incertitudes associées à la méthode classique de la RACE 5 ′ et au buvard nordique, en particulier lorsque l`ARN à l`étude est prédominant dans ses formes transformées ou lorsqu`il est en concurrence avec d`abondantes RNA non spécifiques, principalement des RNAs ribosomiques qui constituent jusqu`à 80 – 90% de l`ARN total (54). Parmi les transcriptions caractérisées (y compris les SSR, RnpB, SsrA et FFS), aucun ORF traduisible n`a été trouvé dans les séquences de 31 d`entre eux, ce qui nous a permis de conclure que ces transcriptions sont très certainement des ncRNAs. Parmi ceux-ci, 27 Ref RNAs étaient nouveaux et leurs longueurs primaires allaient de 128 à 755 NT (tableau supplémentaire S2 et figure S3, figure 4). Deux classes de gènes Ref ncRNA ont été distinguées selon leur organisation transcriptionnelle: (i) les gènes ncRNA incorporés dans les IGRs annotés (p. ex. ref7C, 8C1-4, 19C, 25C, 27B, rnpB), ressemblant à la grande majorité des gènes ncRNA décrits pour agir sur des mRNA ou protéines; (II) les gènes ncRNA couvrant les gènes de codage protéique transcrits dans la direction opposée, qui peuvent agir comme antisens. Sept gènes Ref ncRNA (ref7C, 8C1-4, 25C, 30C) sont situés dans l`île de V583 pathogénicité (PAI) et présents dans des isolats E. faecalis étroitement apparentés (tableau supplémentaire S3). À notre connaissance, il s`agit de la première description des ncRNAs exprimées à partir du chromosome E.

faecalis. Cette collection, et l`approche utilisée pour son identification, devraient ouvrir la voie à la caractérisation des processus basés sur l`ARN qui régissent la physiologie d`un agent bactérien majeur des infections nosocomiales. La recherche a également conduit à une plus grande connaissance de certaines maladies liées aux changements dans les transcriptions primaires. Une étude a impliqué des récepteurs d`oestrogène et épissage différentiel. L`article intitulé, «épissage alternatif de la transcription primaire alpha du récepteur d`oestrogène humain: mécanismes d`exon sautant» par Paola Ferro, Alessandra Forlani, Marco MUSELLI et Ulrich Pfeffer du laboratoire d`oncologie moléculaire au National Cancer Institut de recherche à Gênes, en Italie, explique que 1785 nucléotides de la région dans l`ADN que les codes pour le récepteur d`oestrogène alpha (ER-alpha) sont répartis sur une région qui détient plus de 300 000 nucléotides dans la transcription primaire.

Modèle relevé de notes primaire